校准周期间隔短是否还要做期间核查...

要看明白，是校准周期间隔。如何多年合格率都保持很高的话，企业可以根据实际情况适当调整周期（当然也可以放宽），以避免人力和经济上的浪费。

就是说这种时间间隔可以由使用者自己判断确定？

周期的增减不是可以随意更改的，要有多个周期合格率的统计以及结合期间核查结果分析后才能确定。